Ο Πυθαγόρας πίστευε πως και η μουσική συμβάλλει πολύ στην υγεία, αν τη χρησιμοποιεί κάποιος όπως πρέπει. Συνήθιζε λοιπόν να μεταχειρίζεται τακτικά αυτό τον τρόπο κάθαρσης, ονομάζοντάς τον «θεραπεία δια της μουσικής». ´Εκανε χρήση αυτής της μελωδίας κατά την εποχή της άνοιξης. ´Εβαζε, δηλαδή, στη μέση κάποιον που έπαιζε λύρα και γύρω γύρω κάθονταν όσοι ήταν καλοί στο τραγούδι και έτσι, καθώς εκείνος έκρουε τη λύρα, οι υπόλοιποι τραγουδούσαν κάποιους παιάνες, οι οποίοι, όπως πίστευαν, προκαλούσαν ευφροσύνη και έφερναν ανάμεσά τους την αρμονία και τον ρυθμό.
Οι Πυθαγόρειοι χρησιμοποιούσαν και τον υπόλοιπο καιρό τη μουσική ως θεραπευτική μέθοδο. Υπήρχαν, μάλιστα, κάποιες μελωδίες για τα πάθη που δημιουργούνται στην ψυχή, για τη δυσθυμία και τον πόνο, που είχαν αποδειχτεί πολύ βοηθητικές, και άλλες πάλι για την οργή, τον θυμό και για κάθε ψυχική διαταραχή´ αλλά και για τις επιθυμίες είχε επινοηθεί άλλο είδος μελοποιίας. Χρησιμοποιούσαν ακόμα και χορούς. Ως όργανο είχαν τη λύρα, γιατί ο Πυθαγόρας θεωρούσε τον ήχο των αυλών ενοχλητικό, κατάλληλο για τα πανηγύρια και καθόλου εξευγενισμένο. Χρησιμοποιούσαν επιλεκτικά και στίχους του Ομήρου και του Ησιόδου για την επανόρθωση της ψυχής.